Allveearheoloogia
Allveearheoloogia on arheoloogia haru, mis tegeleb ajalooteaduse jaoks oluliste veealuste objektide otsimise ja uurimisega.
1988. aastal moodustati Eesti Meremuuseumi juurde allveearheoloogia osakond. See oli organisatsiooniline muudatus, mis tehti pärast kümmet aastat välitöid allveeklubi Viikar osalusel. 1982. aastal oli meremuuseum muretsenud ekspeditsioonilaeva, millest saadi põhjaliku ümberehituse ja moderniseerimise teel hästivarustatud uurimislaev MARE. Aasta-aastalt jätkusid allveeekspeditsioonid nii merele kui siseveekogudele. Allveeuuringuid tehti tervel Eesti merealal, sisevetest Viljandi järvel, Koorküla-Valgjärves, Emajõel, Narva jões ning mujalgi. Allveeleidude baasil hakkas kujunema Eesti vrakiregister.
Kuigi Viikari tegevus 1994. aastal hääbus, on meremuuseumi allveetegevus ja –uuringud jätkunud kuni 2014. aastani. MARE abil tehakse suviti aktiivseid välitöid ning otsitakse ja registreeritakse Eesti vrakiregistri koostamiseks uppunud laevu. Valikuliselt tõstetakse üles esemeid muuseumi ekspositsiooni täiendamiseks.
Aastail 1997 ja 2001 tehti koostöös Eesti Telefilmi ja filmistuudioga F-Seitse allveedokumentaalfilmid "Tsaari sõjalaev" ja "Tema Majesteedi sõjalaev".
1987. aastal tõsteti merepõhjast üles haruldane leid - Väikese väina kaldal asunud Maasi ordulinnuse reidilt leitud nn. Maasilinna laev, mis on dateeritud 16. sajandi keskpaika kuuluvaks ja mida eksponeeritakse Lennusadama näitusel.
1991. aastal uuriti teaduslikult Pärnu jõest leitud keskaegse laeva - Hansa koge - vraki pardaosa, mis tänapäevaks on üles tõstetud ja konserveeritud.
Aastatel 2010-2013 osales Eesti Meremuuseum rahvusvahelises projektis Shipwher.
Alates 2012. aastast osaleb Eesti Meremuuseum rahvusvahelises uurimisprojektis Arrows.
